在实际操作中，双向凝胶电泳的第一步是制备样品并加载到凝胶条带上，随后进行等电聚焦。这一过程利用了电场的作用，使不同等电点的蛋白质移动到特定的位置。接下来，将凝胶条带转移到SDS-PAGE系统中，在这里根据蛋白质的大小进一步分离。最终得到的二维凝胶上可以清晰地看到各种蛋白质斑点，这些斑点的位置对应于蛋白质的独特特性——等电点和分子量。
由于其出色的分辨率和重复性，双向凝胶电泳被广泛应用于蛋白质组学研究，如疾病标志物的发现、药物靶点鉴定等。然而，该技术也面临一些挑战，例如样品制备复杂、自动化程度较低等问题。随着科学技术的进步，未来可能会开发出更加高效便捷的方法来克服这些问题。
